Šv. Jonų bažnyčia dominuoja Vilniaus universiteto ansamblyje. Kiekvienas, užėjęs į Didįjį universiteto kiemą, tiesiog negali atplėšti akių nuo šio didingo pastato. Ypač kerintis Jono Kristupo Glaubico projektuotas barokinis fasadas. Jis simetriškos kompozicijos, banguojančių formų. Dekoratyvumą dar padidina voliutos, statulos, kryžiai, metalinės vazos, o lyg to dar būtų mažą prie viso šito dar prisideda šviesos bei šešėlių žaismas.

Bet apie viską nuo pradžių.

Šv. Jonų bažnyčia – tai sutrumpintas bažnyčios pavadinimas, kuris iš tiesų skamba Vilniaus Šv. Jono Krikštytojo ir Šv. Jono apaštalo ir evangelisto bažnyčia.

Pirmoji bažnyčia šioje vietoje buvo pradėta statyti Lietuvos krikšto metais, 1387 m., 1426 m. šioje vietoje jau stūksojo gotikinė bažnyčia. Ji pastatyta Jogailos iniciatyva. XV – XVI a. bažnyčia nukentėjo nuo gaisrų.

1571 m. Žygimantas Augustas bažnyčią atidavė jėzuitų įsteigtai Vilniaus kolegijai. Tais pačiais metais ji buvo rekonstruota, tačiau gotikinis stilius vis dar buvo išlaikytas. Bažnyčia gerokai apgriauta XVII a. viduryje per karą su Maskva, įgriuvo skliautai, bet netrukus ji vėl buvo suremontuota. 1737 m. ji vėl sudegė, išsilydė varpai. Atstatant išorė įgavo baroko bruožus ir formas. XVIII a. viduryje dar porą kartų degė, tuo metu rekonstrukcija buvo atkurta pagal Jono Kristupo Glaubico projektą. Nuo 1773 m. bažnyčia priklauso universitetui.

Per XIX a. pirmoje pusėje vykusį remontą pakeistas vidus, užtinkuota daug freskų, nugriauti prie kolonų buvę altoriai. To laikotarpio bažnyčios architektas Karolis Podčašinskis sunaikino labai daug puošnaus barokinio interjero: į sąvartyną išvežta beveik trys tūkstančiai vežimų altorių, skulptūrų bei lipdinių. Tuo metu mažiausiai nukentėjo koplyčios.

1948 m. vasarą bažnyčia buvo uždaryta. 1949 m. daugiau kaip 5000 bažnyčioje rastų knygų perduota Knygų rūmams, o inventorius, meno vertybės – įvairioms organizacijoms, keli baldai, paveikslai pateko į Istorijos ir etnografijos muziejų. Daug vertybių buvo pavogta, vargonai sugadinti, altoriai apnaikinti.

1963 m. bažnyčia vėl perduota universitetui, 1964 – 1979 m. restauruota pagal Romano Jalovecko projektą. Atstatymo ir rekonstrukcijos darbai vyksta nenutrūkstamai ir tęsiasi iki mūsų dienų.

1990 m. Šv. Jonų bažnyčia grąžinta tikintiesiems, atkurta parapija.

1993 m. rugsėjo 5 d. šioje bažnyčioje lankėsi popiežius Jonas Pauliu II.

Bažnyčioje yra septynios koplyčios prie šoninių navų (Šv. Stanislovo Kostkos, Šv. Onos, Dievo Motinos Gerosios Vilties, Oginskių, Piaseckių, Šv. Barboros) ir dešimt altorių (Didysis, Loreto Marijos, Šv. Ignoto, Šv. Ksavero, Kristaus Nukryžiuotojo, Sopulingosios Dievo Motinos, Šv. Kazimiero, Šv. Mykolo, Šv. Juozapo, Šv. Petro ir Pauliaus). Dešimties altorių kompozicija vienintelė tokia Lietuvoje ir Baltijos šalyse. Altoriai išdėstyti puslankiu, skirtinguose lygmenyse. Juos gausiai puošia tapyba ir skulptūra. Centrinėje navoje yra 18 skulptūrų, iš kurių net 12 vaizduoja šventuosius Jonus.

Šv. Jonų bažnyčios vargonai buvo žymiausi Lietuvoje, bet, deja, sovietiniu laikotarpiu išgrobstyti ir tik dabar atkuriami.

Bažnyčioje gausu memorialinių paminklų, pavyzdžiui paminklai Adomui Mickevičiui, Tadui Kosciuškai, Konstantinui Sirvydui, Simonui Daukantui ir dar daugeliui žymių ir nusipelniusių žmonių atminti.

Šalia bažnyčios 1600 – 1610 m. buvo pastatyta mūrinė varpinė. Ji siekia 63 m aukščio ir yra bene didžiausias Vilniaus senamiesčio statinys. Ji papuošta Vilniaus meistrų nukaltu 6,2 m aukščio kryžiumi. Po 1737 m. gaisro varpinė buvo paaukštinta. Ji turi baroko ir renesanso bruožų.